Το εκκλησάκι του Προφήτη Ηλία βρίσκεται στα Μποϊκάτικα, πάνω από τον Γάιο, λίγο δεξιά από τη λευκή εκκλησία της Αγίας Παρασκευής στα Μπογδανάτικα.

Ο κόκκινος πυλώνας του φέρει τη χρονολογία 1700 και δικέφαλο αετό, κάτι που το κάνει ένα από τα παλαιότερα χρονολογημένα κτίσματα του νησιού. Εδώ έχουν καταγραφεί αρχαία κιονόκρανα και κίονες, εντοιχισμένα στην κατασκευή, συνηθισμένο πράγμα στους Παξούς, όπου κάθε γενιά έχτιζε με ό,τι της άφηνε η προηγούμενη.

Στην καταγραφή του 1885 τα Μποϊκάτικα, τότε έξι ψυχές, αναφέρονται με τον Προφήτη Ηλία. Το σχολείο του χωριού έφερε κάποτε το όνομά του, και το πανηγύρι της 20ής Ιουλίου αναβίωσε τα τελευταία χρόνια.

Γιορτή: 20 Ιουλίου.

Ο περίβολος είναι η πραγματική έκπληξη. Μια μεγάλη αψίδα στέκει μόνη της δίπλα στο καμπαναριό, χωρίς τίποτα να πατάει πάνω της, και κανείς δεν έχει εξηγήσει σε τι ανήκε. Χτισμένη μέσα στον τοίχο του περιβόλου υπάρχει θολωτή κατασκευή με δύο χώρους, ο ένας φραγμένος σήμερα. Αυτοί, σύμφωνα με όσα λέγονται στο νησί, ήταν κελιά όπου κρατούσαν κρατουμένους εν αναμονή της δίκης τους, προφανώς από το εκκλησιαστικό δικαστήριο. Θα χρειάζονταν κάγκελα μπροστά, εκτός αν οι κρατούμενοι ήταν αλυσοδεμένοι.

Στον νότιο τοίχο του ίδιου περιβόλου σώζονται τα ίχνη μιας εκτεταμένης τοξοστοιχίας. Είναι σχεδόν σίγουρα ό,τι απέμεινε από παλαιότερη εκκλησία στη θέση αυτή, κάτι που εξηγεί και τα αρχαία κιονόκρανα και τους κορμούς κιόνων που είναι ξαναχρησιμοποιημένοι στους τοίχους.