Για το μεγαλύτερο μέρος της ιστορίας τους, οι Αντίπαξοι είχαν μία και μόνη εκκλησία: αυτήν.

Βρίσκεται στο εσωτερικό, πάνω από την ανατολική ακτή. Ο δρόμος που οδηγεί σε αυτήν είναι ένα περιτειχισμένο δρομάκι που περνά δίπλα από μια μεγάλη αγριαχλαδιά και ανεβαίνει ανάμεσα σε αμυγδαλιές. Το κτίσμα είναι λιτό: έξι αψιδωτά παράθυρα, επίπεδη οροφή, κιγκλιδωτό υπερώο, ξύλινα στασίδια και ένα απλό λευκό λίθινο εικονοστάσιο. Η καμπάνα δεν κρέμεται από κωδωνοστάσιο αλλά από πάσσαλο. Δίπλα, μια πλατιά πλατεία με μία μοναδική ελιά.

Το πανηγύρι του Αγίου Αιμιλιανού είναι στις 18 Ιουλίου και παραμένει η μέρα της χρονιάς για τους Αντίπαξους. Τη δεκαετία του 1880 δεν υπήρχε ούτε ένα μουσικό όργανο στο νησί, και έτσι για το πανηγύρι έρχονταν οι οργανοπαίχτες με βάρκα από τους Παξούς, με βιολί και μαντολίνο.

Η εκκλησία χρησίμευε και ως σημάδι για τους ψαράδες. Την Έξω Ξέρα, έναν ύφαλο τρία μίλια ανοιχτά σε βάθος δεκαοχτώ οργιών, τη βρίσκανε στο σημείο όπου ο Άγιος Αιμιλιανός και ο Άγιος Ίσαυρος ευθυγραμμίζονταν και χάνονταν πίσω από τη στεριά. Όταν νύχτωνε, χρησιμοποιούσαν τον φάρο της Παναγίας.

Στην περιοχή γύρω από την εκκλησία έχουν καταγραφεί αρχαίοι τάφοι.